Вовед. Емпириски методи за пресметување. Молекуларна механика. Семи-емприски методи. Локален и глобален енергетски минимум, бранови функции, Hartree-Fock бранови функции, техники и методи за пресметување. Оптимизирање на геометријата. Поважни методи за оптимизирање. Параметри за семи-емпириските методи. Поважни типови силови полиња и нивна примена. Основни поими од квантната хемија (Хамилтонијан, атомски орбитали, системи со повеќе електрони, молекулски орбитали, теорија na Harttee -Fock, базисни сетови, и др.). Различни апроксимации за квантно-механички пресметувања. Молекуларна динамика. Примери за симулација на молекуларната динамика. Определување на молекуларни параметри. Молекулрани својства на органските молекули и биомолекулите (полнежи, електростатски потенцијал и др.). Конформациона анализа на органски соединенија и биомолекули. Анализа на конформацијата на различни системи од органски молекули и биомолекули ( конформација на алканите и цикололакни, органски соединенија со повеќекратни врски, азотни органски соединенија и др.). Анализа на конформационите промени на биомолекулите (протеини, нуклеински киселини и јаглехидрати). Моделирање на органски реакции. Примена на квантно-механичките методи за испитување на реактивноста и селкетивност (динамичка метода, Хикелова теорија за ароматичност, гранични орбитали, семирмприски и ab initio теории за раскинување и образување на врски, површини на потенцијална енергија и моделирање на преодна состојба, испитување на влијанието на растворувачот и други карактеристики ). Методологија за испитување на соединенија со големи молекулски молекулски маси (метода на сфери, наоѓање на активни центри, испитување на примарна, секундарна и други нивои на структури на макромолекулите, анализа на хомологија на низите и др.). Молекуларно-механички пресметувања за големи молекули (јаглехидрати, протеини и нуклеински киселини). Принена методите за моделирање за анализа на карактеристиките на биомолекулите (наоѓање на активни центри и џепови, класификација според хрофобност или хидрофилност и др.). Примена на семиемприските методи и аб инитио методи за пресметувања на кај биомолекулите низ примери.
Литература:
1. J. B. Foresman and Aeleen Frisch, Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods: A guide to Using Gaussian, Gaussian, Inc., 1993
2. W. J. Hehre, L. D. Burke, A.J. Shusterman and W. J. Pietro, Experiments in Computational Organic Chemistry, Wavefunction, Inc., 1993.